益生菌通常被称为“友好细菌”，酸奶和其他益生菌产品已经存在了数千年，益生菌补充剂和商业生产的益生菌食品的市场也正在迅速增长。许多产品还含有益生元，或促进有益微生物生长或活性的成分。许多益生菌类产品宣称可以预防或缓解广泛的健康问题，从肠易激综合症到大脑健康等。但我们对它们究竟了解多少呢?
2001年，联合国粮农组织（food and agriculture organization，fao）/世界卫生组织（world health organization，who）联合专家委员会提出了益生菌的科学定义：益生菌系指活的微生物，当摄取足够数量时，对宿主健康有益。在国家“健康中国”战略、食品工业健康转型及技术创新的多方驱动下，益生菌行业作为我国食品工业的重要组成部分，在我国每年以15%-20%的增速快速发展，已成为支撑并带动我国食品工业健康转型升级的重要引擎之一。
益生菌的安全性是益生菌应用的基础。益生菌的安全性主要由菌株天然属性决定，需要具备的特性有：①菌株来源清晰，有明确的分离源及分离条件，一般来源于传统发酵食品或健康人体肠道的菌株，其安全性较高；②经过安全性评价，并在功能评价试验中对宿主没有明显风险。
常用的益生菌是乳杆菌和双歧杆菌，一般来源于传统发酵食品或健康宿主肠道，来源清晰，具有较高的安全性。我国规定《可用于食品的菌种名单》中的菌种无需进行安全性评价，可直接用于普通食品。目前认为虽然摄入益生菌可对适宜人群的健康发挥作用，但是临床上对于免疫缺陷和危重病人不推荐进行益生菌干预。
近年来有一些关于益生菌不良作用的报道,特别是乳酸菌与菌血症、心内膜炎、尿道感染等疾病有关的报道，并提出其有益的作用前景并不如以前想象的那么好。发表在《内科医学年鉴》上的一篇新的文献综述《可信来源》发现，许多研究几乎没有报告益生菌产品的安全性信息。这些研究人员来自法国国家健康与医学研究所和其他机构。该综述的作者评估了384项关于益生菌、益生元和合成菌的随机对照试验的已发表结果。该研究的作者写道:“三分之一的试验没有给出危害的信息。”“只有2%的人充分报告了关键的安全部件。”该综述中包括的大多数研究没有报告研究人员如何定义不良事件或严重不良事件。此外，绝大多数报告没有描述用于收集危害相关数据的方法。该研究的作者指出:“关于益生菌和益生元的一个强烈信念是它们是安全的。”然而，人们对使用它们引起的不良事件知之甚少。“我们认为，研究人员必须清楚地描述与益生菌、益生元和合成菌相关的不良反应的发生率和严重程度，”他们补充说，“特别是当它们用于治疗严重疾病或用于高风险患者时。”
shira doron博士是塔夫茨大学医学院(tufts university school of medicine)的副教授和塔夫茨医学中心(tufts medical center)的主治医师，曾帮助开展多项益生菌产品的研究。她对这项研究的结果并不感到惊讶。“这是一个做得很好的、系统的综述，证明了我们这些在该领域进行研究的人已经知道的事情——绝大多数已发表的研究没有充分评估益生菌、益生元和合生菌的安全性。”
根据多伦的说法，一些人可能会从服用某些菌株和剂量的益生菌中受益。她说:“在一些良好的临床试验中，益生菌已被证明对几种情况有益。”这些措施包括预防儿童过敏和预防抗生素相关腹泻。虽然益生菌并没有被证明能改善一般健康状况或缓解人们服用益生菌时的许多状况，但大多数人都可以安全食用益生菌。然而，有报道称，益生菌产品中的微生物引起了感染。在某些情况下，这些感染已经很严重。多伦解释说:“通常，这些感染都有潜在的医疗条件，比如免疫系统受损或肠道粘膜受损。”多伦建议，如果你的免疫系统受损或肠道完整性受到破坏，就不要服用益生菌。如果你确实服用益生菌产品，最好使用一种菌株和剂量的益生菌，这种益生菌已被证明对治疗你的特定情况或症状有效。多伦建议:“当你选择益生菌时，要确保你使用的益生菌在临床试验中被证明对你希望改善的特定情况或症状有效。”
根据国外目前的资料, 益生菌安全性问题主要表现在以下三个方面:①全身性感染；②有害的代谢活性产物；③耐药基因的转移,其中最受关注的是由益生菌引起的菌血症、感染性心内膜炎和耐药性。
其中最受关注的是益生菌的耐药性。klein等对罗特乳杆菌dsm20016 、atcc55149、atcc53608、atcc55730、atcc55148和鼠李糖乳杆菌 atcc53103进行耐万古霉素基因vana、vanb和vanc的分析表明, 这6 株菌均对万古霉素有耐药性,作者认为乳杆菌的耐药基因位于染色体上。世界各国生产酸奶用的乳杆菌、双歧杆菌和链球菌大部分都有耐药性及耐药基因。如果没有其它选择性压力的存在,作为益生菌传递耐药性的忧虑是没有必要的。但当抗生素的滥用已成为一种严重的社会问题时, 监测益生菌的耐药性就显得非常迫切了。
益生菌产业化需科学严谨的验证 消费者应理性选择益生菌产品
益生菌行业科技含量高，企业发展需严守道德门槛，营造良好的行业生态环境。益生菌在产业化应用前应该清楚菌株的种属甚至基因构成、基础生理生化特征、菌株相关文献和专利技术、菌株放大培养（产业化）等情况，然后，应依次进行菌株适应性、安全性/耐药性和益生特性等评估，选择具有充分科研证据力的益生菌剂量/组合应用于商业化产品生产。
对消费者而言，益生菌对健康的作用具有个体差异性，不存在一种“万能”的益生菌菌株适用于每个人和所有健康状况的改善。目前大多数益生菌产品应用于健康消费者是安全的，然而对于某些患病个体，如严重感染或有免疫缺陷的病人，应遵照医生的建议谨慎使用。行业需加强消费者科普教育，普及益生菌的专业知识，明确益生菌“活菌状态”、“足够数量”“充足研究”等科学概念，科学传播益生菌的功效，让消费者能理性选择益生菌相关产品。